سابقه تشکیل ساختارهای سازمانی در زمینه ایمنی، بهداشت و محیط زیست در سازمان بنادر و دریانوردی به سال 1371 باز می گردد. در این سال واحد بهداشت حرفه ای در اداره بیمه، رفاه و بهداشت در زیرمجموعه اداره کل امور اداری تشکیل شده و مراکز حفاظت و بهداشت کار در بنادر کشور تأسیس شد. با جذب متخصصین بهداشت حرفه ای در ستاد مرکزی و بنادر کشور، تلاش گردید تا با برنامه ریزی لازم، اقدامات جامعی در زمینه بهداشت حرفه ای در بنادر کشور به مورد اجرا گذاشته شود.
با توسعه اقدامات انجام شده در سازمان و رویکردهای تخصصی در سطح ملی به مقوله ایمنی و بهداشت کار، سازمان بنادر و دریانوردی در سال 1381 در ستاد مرکزی، اقدام به تأسیس اداره ایمنی و بهداشت در اداره کل امور اداری نموده و مراکز ایمنی و بهداشت کار در بنادر کشور را نیز تأسیس نمود. با توسعه ساختارهای سازمانی، نیروهای متخصص بیشتری در ستاد مرکزی و بنادر کشور مشغول به کار شدند.
گسترش حوزه های عملکری اداره و مراکز ایمنی و بهداشت سازمان در ستاد مرکزی و بنادر به تمامی محورها از جمله ایمنی، آتش نشانی، بهداشت حرفه ای، بهداشت محیط، بهداشت عمومی و محیط زیست، سازمان را بر آن داشت تا ساختارهای سازمانی را متناسب با عملکردها و نیازهای سازمان توسعه دهد، فلذا در سال 1395 نسبت به ایجاد اداره ایمنی، بهداشت و محیط زیست (HSE) در ستاد مرکزی سازمان در اداره کل امور اداری اقدام نمود. به موازات توسعه ساختار در ستاد مرکزی، ساختار سازمانی در بنادر کشور نیز توسعه یافت.
وجود ساختارهای سازمانی با حوزه های عملکردی مرتبط در سایر آحاد ذیربط سازمان، از جمله وجود ساختار مدیریت بحران و پدافند غیرعامل، سبب گردید که سازمان در سال های 1397 و 1398 با ادغام اداره HSE، آتش نشانی، پدافند غیرعامل و مدیریت بحران و ضمن اخذ مجوزهای قانونی لازم، نسبت به ایجاد مدیریت ایمنی، بهداشت و محیط زیست (HSE) در ستاد مرکزی و تحت نظر مستقیم مدیرعامل سازمان و همچنین اداره ایمنی، بهداشت و محیط زیست (HSE) در بنادر امام خمینی "ره" ، شهید رجایی و چابهار و ایجاد مراکز HSE و توسعه ساختار و تخصیص پست های سازمانی تخصصی در سایر بنادر تحت نظر مستقیم مدیرکل/مدیر بندر اقدام نماید و نیز در حال حاضر تمامی حوزه های عملکردی در زمینه های ایمنی، آتش نشانی، بهداشت (حرفه ای، محیط و عمومی)، مدیریت بحران و پدافند غیرعامل در ستاد مرکزی و بنادر کشور به صورت منسجم و یکپارچه مدیریت می گردد.
حسب سیاست های کلان سازمان بنادر و دریانوردی، اقدامات مدیریت HSE در حوزه های ایمنی، بهداشت و محیط زیست بر بخش بنادر معطوف بوده ، لیکن اقدامات حوزه های مدیریت بحران و پدافند غیرعامل دارای رویکردی جامع در تمامی حوزه های دریایی، بندری و پشتیبانی می باشد. پیگیری امور ایمنی و حفاظت محیط زیست دریایی نیز از طریق ساختارها و نیروهای متخصص پیش بینی شده در حوزه معاونت امور دریایی ستاد و بنادر صورت می پذیرد.